На 6 февруари 2019 година беше објавен јавен повик за избор на директор на Агенцијата за примена на јазикот што го зборуваат најмалку 20% од граѓаните на Република Северна Македонија, којшто траеше заклучно со 13 февруари 2019 година, при што со Решение за избор, донесено од страна на Владата на Република Северна Македонија на седницата одржана на 25 февруари 2019 година, се избра проф. д-р Илбер Села за прв директор на Агенцијата за примена на јазикот.

Генералниот секретаријат на Владата на Република Северна Македонија ги назначи Плеурат Ајази и Арменд Фазлиу за да ги следат потребните процедури за основањето на Агенцијата. Исто така, во почетен состав  со цел основање и консолидирање на Агенцијата придонес дадоа и тројцата надворешни советници на Директорот: проф. д-р Изер Максути, проф. д-р Нури Беџети и проф. д-р Ајтене Хајдари-Ќамили, како и соработниците Емер Мустафа, Берна Мејдиу, Лирим Шабани и Аритон Спахиу.

На 11 март 2019 година е поднесена пријава за упис на основање на Агенцијата за примена на јазикот во Централниот регистар при што Решението за упис на основање  е донесено на 13 март 2019 година. Формалниот датум на основање на Агенцијата е 14 јануари 2019 година, односно денот на стапување во сила на Законот за употреба на јазиците („Службен весник на РМ“ бр. 7/19).

На 21 ноември 2019 година е извршена промена на седиштето на Агенцијата и тоа се наоѓа на адреса: Кеј „Димитар Влахов“  бр.4-1, кат 4, Скопје, а исто така е впишан и скратениот назив на Агенцијата и тој гласи „Агенција за примена на јазикот на РСМ“.

На 45-та седница на Владата на Република Северна Македонија, одржана на 16 февруари 2021 година, Владата ја донесе Одлуката бр.40-2389/1 за давање на трајно користење на недвижни ствари на АПЈ („Службен весник на РСМ” бр. 43/2021), што беше основа за вршење упис на промена на седиштето на АПЈ.

Со Решение на Централниот регистар на Република Северна Македонија од 03.03.2021 година беше извршена промена на упис на седиштето на АПЈ на новата адреса: ул. ,,Филип Втори Македонски” бр.11, кат 3, Скопје.